En 1982, le Seigneur mettait dans le cœur d’une quinzaine de familles issues de la Grande Maison à Laval (fruit du travail d’un missionnaire évangélique américain, Bill Wolitarsky), d’établir une assemblée locale dans la région qui s’appelait alors Lachenaie, Mascouche et Terrebonne. C’est donc ainsi qu’a été fondée l’Assemblée Chrétienne Lamater, en septembre 1982. À cette époque, Thomas Paul, soutenu par son épouse Sylvia, était l’ouvrier-enseignant à temps plein.
Au cours des premières années l’église a connu une période nomade, alors que les frères et sœurs utilisaient des locaux prêtés ou loués. Une quinzaine d’emplacements différents, dont plusieurs écoles de la région, ont ainsi été utilisés pour le culte du dimanche. Puis, en 1986, après de nombreuses prières, lettres et recherches, un terrain a été obtenu pour construire l’église actuelle, au 60, boul. J.-S.-Archambault, sur l’Île Saint-Jean.
En 1993, à la suite du départ de Tom Paul et de son épouse, un nouvel ouvrier pastoral, Gerry Kraemer, soutenu par son épouse Kathy, est devenu l’ouvrier-enseignant à temps plein.
En 2009, le nom de l’église a été changé pour l’Église chrétienne évangélique des Moulins, afin de mieux refléter le nom de la région.
À la fin de 2010, François Boudreau, soutenu par son épouse Claudia, est devenu le nouveau pasteur de l’église.
Aujourd’hui, environ 80 adultes et 35 enfants et ados fréquentent l’église. L’équipe pastorale, se basant sur les principes de la Parole de Dieu, assume la direction sur le plan spirituel. Elle est soutenue par une équipe de diacres qui s’occupe de l’administration financière et pratique de la vie de l’assemblée.